Das urplötzliche Auftauchen eines verschollen geglaubten Navy-Kreuzers führt die Wege von den beiden FBI-Agents Mulder und Scully und dem NCIS-Agent Gibbs und dessen Team zusammen. Die unerwartete Wendung dieses Ereignisses und das erneute auftauchen des gefürchteten Syndikats zwing die Teams, miteiander zu kooperieren...oder gemeinsam unter zu gehen.