Nach einem Familiendrama zieht das Mädchen Lucy mit ihrer Mutter und ihrem Vater nach Shinyuku, dort kommt sie auf die Mittelschule, zu der inzwischen auch Takato und die anderen Gehen. Niemand, nicht einmal sie selbst kennt ihr Geheimnis.
Takato ist älter geworden, traut sich aber immer noch nicht, Jen seine gefühle zu offenbaren, die seit denm verschwinden der Digimon, nicht schwächer geworden sind.Immer wieder kehrt er zu Guilmons Schuppen zurück, aus sehnsucht nach seinem Freund.
Als Lucy mit ihren Eltern nach Tokio zieht, ist ihr Herz voller trauer und zurückgehaltener wut... auf sich selbst. Denn sie gibt sich die verantwortung, für den Tod ihres Bruders verantwortlich zu sein. Was sie nicht weiß, in ihr Schlummert eine igantische kraft, die bald aktiviert wird.
Aus dem kleinen Mädchen, das alle gefahren fürchtete ist eine Mutige 12 Jährige geworden, die sich für ihre Freunde einsetzt.
Suzie hat sich in den drei Jahren kaum verändert, da sie noch immer das Nästhäkchen ist. "Ihre Ungeduld bringt sie irgendwann in schwierigkeiten" beteuert ihr großer Bruder Henry immer wieder.
Ryo ist immer noch der ungeschlagenen Meister des Kartenspiels. Jedoch aht sich sein Charakter verändert. Er denkt jetzt vorher über seine Handlungen nach, befor er Handelt.
Rika ist immer noch die Vieze-Meisterin im CardGame. Deshlab streitet sie sich öfter mit Ryo. Das hat sich aber seit ein paar Monaten geändert, Rika macht sich ehrlich sorgen um den 'Sunnyboy'.
Aus dem schüchternen Jungen wurde ein 12jähriger der mit dem Kopf durch die Wand will. Er ähnelt sehr Takto als dieser in dem alter war.
Kenta ist erwachsener geworden und trägt nun eine schmalere Brille. Jedoch Charakterlich hat er sich kaum verändert. Er ist immernoch der liebenswerte Chaot.
Kazu ist nun ebenfalls auf der Mittelschule und entdeckt auch einen Teil von Lucys geheimnis. Heimlich ist er in Jens freundin Miki verliebt, was er jedoch niemals zugeben würde.
Nach dem Sieg über D-Reaper, hat sie sich verändert. Nun hat sie ihre Trauer überwunden. Erst später erfährt sie, das es Gallantmon war, der sie gerettet hat. Ihre einstige verliebtheit in Takto ist zu einer echten liebe geworden.
Henry hat in den letzten Jahren fleißig an seinem Kung-Fu-Stil gearbeitet und ist nun einer der besten Schüler bei seinem Meister Hinjiko. Er hat den rang des 3.Schwarzen Gürtels und trainiert für den 4.Schwarzen Gürtel und die Meisterprüfung.